في كتابه “الإعجاز العلمي في القرآن”، يسعى “السيد الجميلي” إلى استكشاف مظاهر التوافق بين النصوص القرآنية والاكتشافات العلمية الحديثة، عبر تتبع مواضع متعددة من القرآن يشير فيها إلى ظواهر كونية وطبيعية. يعرض “الجميلي” تفسيره لآيات تتعلق ببداية الكون والفتق والرتق، ومراحل خلق السماوات والأرض، وكروية الأرض، وحركة الشمس، واتساع الكون، وانفصال البحار، وغيرها من الظواهر التي يربطها بما توصل إليه العلم في مجالات الفيزياء والفلك والجغرافيا. كما يخصص “الجميلي” فصولًا للحديث عن مظاهر الحياة الحيوانية والنباتية، مشيرًا إلى الإعجاز في التزاوج، والنباتات المتوحشة والمائية، والنظام البيئي المتوازن، فضلًا عن إشارات قرآنية يرى فيها سبقًا علميًا في مجالات المواصلات، والغواصات، والمتفجرات، ودقة الميزان الذري. ويناقش كذلك قضايا مثل الحياة على الكواكب الأخرى، وسرعة دوران الجبال، منطلقًا من تأويلات قرآنية ذات طابع علمي.