يعالج كتاب “فوائد في مشكل القرآن” مواضع الإشكال في ألفاظ القرآن الكريم ومعانيه، حيث ينتقي “عز الدين عبد العزيز بن عبد السلام” جملة من الآيات التي قد يُظن فيها التعارض أو الغموض، ثم يبيّن وجه الصواب فيها من خلال قواعد اللغة، والسياق، والمعهود من أساليب العرب. ويعتمد في ذلك على أصول علم التفسير والبيان، مع عناية ظاهرة بالتوجيه العقلي والنقلي، دون الغوص في التفصيلات الكلامية أو الخلافات المذهبية. يورد “ابن عبد السلام” كل موضع مشكل، ويعقبه ببيان وجه المعنى فيه، أو الجواب عن الإشكال، مستندًا إلى ما يُرفع به التوهم، ويرد به المعنى إلى وضوحه. ويتميّز أسلوبه بالإيجاز والوضوح، ويعتمد على النقل من أقوال أهل العلم مع حسن الترتيب والتعليل.